Xã Phú Xuân nằm ở trung tâm huyện Nhà Bè, có vị trí địa lý:

• Phía đông giáp tỉnh Đồng Nai với ranh giới là sông Soài Rạp
• Phía tây giáp các xã Nhơn Đức và Phước Kiển
• Phía nam giáp huyện Cần Giờ (qua sông Soài Rạp) và xã Long Thới
• Phía bắc giáp thị trấn Nhà Bè.

Xã có diện tích 10,02 km², dân số năm 2010 là 16.569 người[2], mật độ dân số đạt 1.654 người/km².

Hiện nay, xã Phú Xuân là nơi đặt trung tâm hành chính huyện Nhà Bè.